Skip to content

Dwa fenotypy kliniczne w wazice czerwienicy AD 5

2 miesiące ago

403 words

Zastosowano nienadzorowane hierarchiczne grupowanie w celu ustalenia, czy zbiór 102 rdzeniowych genów oddzielił pacjentów z czerwienicą prawdziwą od kontroli. Jak pokazano na rycinie 1, pacjenci z czerwienicą prawdziwą byli zgrupowani w dwóch odrębnych grupach: jedna grupa skupiała się niezależnie od kontroli i była heterogenna w odniesieniu do ekspresji genu rdzenia, podczas gdy druga była bardziej jednorodna i pokryta kontrolami. W tabeli 2 wymieniono kliniczne cechy dwóch grup pacjentów, które nie różniły się istotnie pod względem wieku, liczby alleli neutrofili JAK2 V617F, liczby białych krwinek i płytek krwi lub dominacji klonalnej. Jednak różniły się znacznie pod względem czasu trwania choroby; poziom hemoglobiny; częstość zdarzeń zakrzepowo-zatorowych, wyczuwalna splenomegalia i splenektomia; ekspozycja na chemioterapię transformacja białaczkowa; i przeżycie; wskazywało to na to, że zachowania chorobowe były agresywne w jednej grupie, a w drugim – łagodne. Aby ustalić, czy czas trwania choroby może wpłynąć na obserwowane zmiany w ekspresji genów, skonstruowaliśmy model regresji wielokrotnej z czasem trwania choroby jako zmienną zależną. Tylko dwa geny były słabo związane z czasem trwania choroby, związek, który stał się nieistotny po korekcie dla wielokrotnego testowania, co wskazywało, że zaobserwowana różnica ekspresji genów nie była konsekwencją trwania choroby.
Klastrowanie ekspresji genów zewnątrzkomórkowej według fenotypu klinicznego
Rycina 2. Rycina 2. Dendrogram i mapa ciepła dla nienadzorowanego hierarchicznego klastrowania w 19 pacjentach z czerwienicą prawdziwą, na podstawie 16-genowego sygnatury stromalnej . W mapie cieplnej każda kolumna reprezentuje indywidualnego pacjenta, a każdy wiersz reprezentuje pojedynczy gen; czerwony oznacza obniżoną ekspresję genu i zieloną zwiększoną ekspresję genu. Niebieski pasek koloru wskazuje grupę pacjentów z chorobą leniwą, a czerwony pasek koloru wskazuje grupę pacjentów z agresywną chorobą.
Ze względu na uderzającą deregulację genów kodujących białka macierzy pozakomórkowej, stosowaliśmy nienadzorowane hierarchiczne grupowanie, aby określić, czy ekspresja genu zrębu jest segregowana z określonym fenotypem klinicznym. Jak pokazano na rycinie 2, zestaw zrębowych genów oddzielił również grupy pacjentów od agresywnej i cierpiącej choroby, przy czym ta ostatnia grupa charakteryzowała się taką samą heterogenicznością, jak w przypadku stosowania klasyfikatora 102-rdzeniowego genu (ryc. 1).
Ekspresja genów według fenotypu klinicznego
Analiza różnicowej ekspresji genów w grupach z agresywną lub indolentną chorobą potwierdziła znaczenie niezależnej od JAK2 V617F ekspresji genów modyfikujących fenotyp choroby
[hasła pokrewne: nfz szczecin kolejka do sanatorium, klinika bielsko biała, borderline blog ]

Powiązane tematy z artykułem: borderline blog klinika bielsko biała nfz szczecin kolejka do sanatorium