Skip to content

Ukierunkowane zmiany aktywujące kinazę w ostrej białaczce limfoblastycznej podobnej do Ph AD 5

2 miesiące ago

481 words

Analizy poziomów ekspresji genów z sekwencjonowania transkryptomów podsumowały te z danych dotyczących ekspresji w mikromacierzy, z grupowaniem przypadków podobnych do Ph-like i BCR-ABL1 (Tabela S10 w dodatkowym dodatku i fig. S4 i fig. S5 w dodatkowym dodatku 2) . Figura 2. Figura 2. Powtarzające się zmiany w kinazach podobnych do Ph podobnych. Dane przedstawiono dla 154 pacjentów z białkiem podobnym do Ph, u których wykonano szczegółową analizę genomu, w tym sekwencjonowanie transkryptomu (RNA-seq), sekwencjonowanie całego genomu (WGS), sekwencjonowanie całego egzomu (WES) i reakcję łańcuchową polimerazy z odwrotną transkryptazą ( RT-PCR). Kohortę dzieli się na pacjentów z fuzjami klasy ABL (ABL1, ABL2, CSF1R, PDGFRB) reagujących na dazatynib, rearanżacje EPOR lub JAK2, rearanżacje CRLF2, inne mutacje aktywujące JAK-STAT (IL7R, FLT3, SH2B3, JAK1, JAK3, TYK2, IL2RB i TSLP), inne fuzje kinazy (inna grupa, w tym NTRK3 i DGKH), zmiany w szlaku Ras (KRAS, NRAS, PTPN11, NF1 i BRAF) i bez zmiany kinazy. Szczegółowe informacje na temat konkretnych zmian znajdują się w tabelach S9 i S12 w Uzupełniającym dodatku i w tabeli S20 w dodatkowym dodatku 3.
Zmiany genomowe aktywujące sygnalizację kinazową zidentyfikowano u 91% pacjentów z białkami podobnymi do Ph i podzielono je na odrębne podgrupy genów receptora kinazy i cytokiny (Figura 2 i Fig. S6 w Dodatku 2). Obejmowały one fuzje, w których przewidziano odpowiedź na inhibitory ABL1 (obejmujące ABL1, ABL2, CSF1R lub PDGFRB) (12,6% przypadków); rearanżacje EPOR (3,9%) lub JAK2 (7,4%); rearanżacje CRLF2 (49,7%); zmiany genetyczne IL7R, FLT3, SH2B3, JAK1, JAK3, TYK2 i IL2RB (pokazane pod Inne JAK-STAT na Figurze 2, 12,6%); Mutacje szlaku Ras, z których kilka było związanych z hipodiploidią (4,3%); i niezbyt częste fuzje (np. z udziałem NTRK3 lub DGKH; 0,9%). U niewielkiej liczby pacjentów (4,8%) nie stwierdzono zmiany aktywacji kinazy w analizie sekwencjonowania transkryptomu, a odpowiedni materiał do analizy nie był dostępny dla 3,9% pacjentów. Częstotliwości tych podgrup zmieniały się wraz z wiekiem. Warto zauważyć, że rearanżacje klasy ABL były częstsze wśród dzieci, a przegrupowania JAK2 występowały częściej wśród młodych dorosłych (ryc. S7 w dodatku 2).
Tabela 1. Tabela 1. Fuzje kinazy zidentyfikowane w ostrej białaczce limfoblastycznej podobnej do Ph. W analizie sekwencjonowania transkryptomu zidentyfikowaliśmy 223 przegrupowania genów u 116 z 136 pacjentów (średnia, 1,6 na pacjenta, zakres od 0 do 12) (tabela S11 w dodatkowym dodatku 1); 115 z nich było albo chimerycznymi fuzjami w ramce albo rearanżacjami powodującymi deregulację ekspresji genu. W całej kohorcie, reorganizacje aktywujące sygnalizację kinazową zidentyfikowano u 96 z 154 pacjentów (62%), w tym 35 różnych rearanżacji (z których 16 było nawracających) w 13 genach kinazy, cytokiny lub receptorów cytokin: JAK2 (10 partnerów fuzyjnych) ABL1 (6), PDGFRB (4), ABL2 (3), CRLF2 (2), EPOR (2), PTK2B (2), CSF1R (1), DGKH (1), IL2RB (1), NTRK3 (1) , TSLP (1) i TYK2 (1) (tabela i rysunek 2 oraz tabela S12 w dodatkowym dodatku i tabela S13 w dodatkowym dodatku 2)
[przypisy: omułek zielonowargowy kapsułki, forskolin efekty, stomatologia dziecięca warszawa ]

Powiązane tematy z artykułem: forskolin efekty omułek zielonowargowy kapsułki stomatologia dziecięca warszawa